Quais arquivos do UniDANFE são necessários para funcionar a DLL?

Os métodos públicos que você vai precisar para usar a DLL estão todos em UNIDANFE_DFE.DLL. Só essa DLL você precisará linkar ao seu projeto.

Mas para funcionar como DLL, o UniDANFE precisa que todas os outros arquivos da instalação estejam presentes na mesma pasta da UNIDANFE_DFE.DLL.

Assim, a melhor forma será você manter o UniDANFE na mesma pasta que anteriormente, chamando os métodos da DLL diretamente dessa pasta.